Il Dipartimento è sorto nel 1995 dalla fusione di due precedenti Istituti, quello di Archeologia e quello di Storia Antica, dei quali ha fatto proprie, continuandole, alcune iniziative di ricerca. 

Il Dipartimento presenta per il 2008 un insieme di ricerche di rilevante interesse, la maggior parte delle quali confluiscono (anche per quanto riguarda la collaborazione tra docenti) in alcuni temi.
L’attività di scavo archeologico, attività istituzionale di un Dipartimento di Scienze Archeologiche e Storiche, vede il coinvolgimento di docenti e non docenti della struttura (Catani, Fabrini, Marengo, Paci, Stopponi, Perna, Giuliodori, Montali) impegnati in tre cantieri: Urbisaglia (diretto dalla Prof.ssa G.M. Fabrini), Orvieto (scavo diretto dalla Prof.ssa Stopponi) e Sant’Angelo in Vado (diretto dal Prof. Enzo Catani): si tratta di iniziative che coinvolgono più fronti della disciplina archeologica spaziando dall’età preromana e dall’ambito italicistico alla strutturazione di municipi dell’età romana. Gli scavi di Sant’Angelo in Vado e di Urbisaglia, sostenuti in parte da finanziamenti esterni, si inquadrano in un più generale programma di ricerca sulle Marche in età antica secondo una consolidata tradizione del Dipartimento. Lo scavo di Orvieto è in particolare sostenuto da finanziamenti esterni. In questo programma di ricerca sulle Marche in età antica rientrano a pieno titolo quella sulle iscrizioni romane (Marengo), quella interuniversitaria (Cofin. 04: Marengo - Paci) sulle epigrafi delle regiones V e VI, quelle sulle testimonianze pre protostoriche (Bergonzi) e la ricerca su Attidium (Stopponi). Lo scavo di Orvieto è in particolare sostenuto da finanziamenti esterni.
L’ambito di interesse del Dipartimento valica infatti anche i confini regionali con ricerche in Umbria (oltre ad Orvieto, anche Villa San Silvestro di Cascia: Stopponi) e a Pompei (Barattolo) e quelli nazionali con ricerche all’estero, che costituisce un terreno impegnativo e nello stesso tempo di prestigio, si segnalano i progetti che vedono impegnati la Prof. Fabrini, la Dr. Rossi e il Dott. Perna a Creta, il Prof. Catani in Libia, il Prof. Paci e il Dr. Perna in Albania. Inoltre, il Prof. Paci conduce ricerche sulle iscrizioni romane di Narona e Salona e sulle epigrafi di Phoinike (Albania) e il Dott. Barattolo sulla politica architettonica adrianea nelle Province dell’Impero
Non meno importanti, sia dal punto di vista del tema affrontato sia per gli esiti finora tratti, sono poi alcune ricerche come quella che riguarda la storiografia greca (Moscati) e quella che riguarda la Sicilia tardo-antica (Rizzo).